1、預染marker的誤差：
由于預染marker是由標準蛋白與有色染料偶聯而成的，所以偶聯后的蛋白由于表面結構的改變，導致在SDS-PAGE中分離的線性關系沒有天然蛋白那么好；另外由于偶聯的批次不同，每個條帶針對每個批次呈現出的分子量會有些許的變化，所以在使用預染marker的時候，出現5-10%的分子量誤差是不能避免的，如果需要確切分子量需要用非預染marker來標定。
2、物種差異：
很多蛋白在人源、大鼠源、小鼠源中存在的長度并非*一致，具體問題還要具體分析；
3、蛋白本身的性質：
①分子量數值僅僅是一個氨基酸數值累加的相對值，與實際值本身存在差距；
②蛋白質存在磷酸化、乙酰基化、糖基化等翻譯后修飾可導致分子量增大，比如常見的CD家族蛋白糖基化修飾以后分子量都會增大許多；
③蛋白質存在翻譯后酶前體狀態與激活剪切狀態，可使分子量變小，比如MMP2蛋白，酶源與激活態大小分別是72kDa、63kDa；
④蛋白質存在多個轉錄本由一個基因編碼的形式，不同的轉錄本翻譯得到的蛋白分子量不一樣，比如JNK這個蛋白，本身分為JNK1，JNK2，JNK3三個亞型，三種亞型同源性較高，而且針對每個亞型還有不同分子量的轉錄本呈現；要想正確把握蛋白分量問題不僅僅要讀說明書，還要關注這個蛋白的相關背景知識。
更新時間：2022-04-22 
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